[合集]蛋白点突变以后，结构预测怎么做？

发信人: kingsyl (Healthy is first.), 信区: Bioinformatics
标  题: [合集]蛋白点突变以后，结构预测怎么做？
发信站: 北大未名站 (2004年06月02日18:59:02 星期三), 站内信件

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作者  wdgca (littlesavage), 信区: Bioinformatics                             
标题  蛋白点突变以后，结构预测怎么做？                                       
时间  北大未名站 (2004年05月26日01:24:20 星期三), 转信                       
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就是比较一个肽段在点突变前后，空间结构的变化，具体该怎么做呢？

有什么软件，或者网站提供相应的预测么？

俺做了一个bZIP蛋白的点突变，突变前，该肽段不能跟我的DNA元件结合，
突变以后可以结合。我想看看蛋白结构上到底发生了什么变化。

请牛人指点！谢谢

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作者  dennyli (protein), 信区: Bioinformatics                                
标题  Re: 蛋白点突变以后，结构预测怎么做？                                   
时间  北大未名站 (2004年05月26日09:25:04 星期三), 转信                       
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作MD吧
【 在 wdgca (littlesavage) 的大作中提到: 】
: 就是比较一个肽段在点突变前后，空间结构的变化，具体该怎么做呢？
: 有什么软件，或者网站提供相应的预测么？
: 俺做了一个bZIP蛋白的点突变，突变前，该肽段不能跟我的DNA元件结合，
: 突变以后可以结合。我想看看蛋白结构上到底发生了什么变化。
: 请牛人指点！谢谢

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作者  wdgca (littlesavage), 信区: Bioinformatics                             
标题  Re: 蛋白点突变以后，结构预测怎么做？                                   
时间  北大未名站 (2004年05月26日13:11:53 星期三), 转信                       
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不懂，啥是MD呀？
有没有简单的办法？

【 在 dennyli (protein) 的大作中提到: 】
: 作MD吧

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作者  lazy (draughts), 信区: Bioinformatics                                  
标题  Re: 蛋白点突变以后，结构预测怎么做？                                   
时间  北大未名站 (2004年05月26日13:24:18 星期三), 转信                       
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分子动力学模拟, 自己随便从原始结构出发搭一个model, 然后跑MD看看结构会不会有变
化. 不过MD只能作为辅助的手段, 不能由MD的结果作出定论, 除非有实验方面的证实
【 在 wdgca (littlesavage) 的大作中提到: 】
: 不懂，啥是MD呀？
: 有没有简单的办法？

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作者  wdgca (littlesavage), 信区: Bioinformatics                             
标题  Re: 蛋白点突变以后，结构预测怎么做？                                   
时间  北大未名站 (2004年05月26日13:31:44 星期三), 转信                       
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逛荡，这个太麻烦了。俺们lab肯定做不了
俺就是想补充点小数据，让paper稍微充实一点。哪个网站蛋白结构预测做的比较好呀？

【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 分子动力学模拟, 自己随便从原始结构出发搭一个model, 然后跑MD看看结构会不会有变
: 化. 不过MD只能作为辅助的手段, 不能由MD的结果作出定论, 除非有实验方面的证实

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作者  lazy (draughts), 信区: Bioinformatics                                  
标题  Re: 蛋白点突变以后，结构预测怎么做？                                   
时间  北大未名站 (2004年05月26日13:36:00 星期三), 转信                       
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对单点突变一般的结构预测方法大概没有什么意义, 一般都是跑跑MD, 然后分析分析结构
的变化. 毕竟一般情况下, 单点突变对蛋白整体结构的影响很小, 否则同源模建也就没法
用了
【 在 wdgca (littlesavage) 的大作中提到: 】
: 逛荡，这个太麻烦了。俺们lab肯定做不了
: 俺就是想补充点小数据，让paper稍微充实一点。哪个网站蛋白结构预测做的比较好呀？

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作者  kokolu (时间的灰), 信区: Bioinformatics                                
标题  Re: 蛋白点突变以后，结构预测怎么做？                                   
时间  北大未名站 (2004年05月26日19:08:20 星期三), 转信                       
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可是如果单点突变发生在active site......

hehe

【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 对单点突变一般的结构预测方法大概没有什么意义, 一般都是跑跑MD, 然后分析分析结构
: 的变化. 毕竟一般情况下, 单点突变对蛋白整体结构的影响很小, 否则同源模建也就没法
: 用了

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作者  lazy (draughts), 信区: Bioinformatics                                  
标题  Re: 蛋白点突变以后，结构预测怎么做？                                   
时间  北大未名站 (2004年05月26日19:10:24 星期三), 转信                       
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原则上也没什么问题, 至少从方法上还是一样处理, 当然模拟的模型的准确性和模拟时间
能否满足要求就是另外一回事情了
【 在 kokolu (时间的灰) 的大作中提到: 】
: 可是如果单点突变发生在active site......
: hehe

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作者  kokolu (时间的灰), 信区: Bioinformatics                                
标题  Re: 蛋白点突变以后，结构预测怎么做？                                   
时间  北大未名站 (2004年05月26日19:14:02 星期三), 转信                       
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我是觉得如果简单的看，active site的电性发生重大变化
或者某一个residue的侧链变得很大，阻碍了底物的结合，那么就很好判断活性是否丧失

了吧？

【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 原则上也没什么问题, 至少从方法上还是一样处理, 当然模拟的模型的准确性和模拟时间
: 能否满足要求就是另外一回事情了