[合集]有没有Protein－protein相互作用的

发信人: kingsyl (Healthy is first.), 信区: Bioinformatics
标  题: [合集]有没有Protein－protein相互作用的负
发信站: 北大未名站 (2004年05月08日14:59:38 星期六), 转信

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作者  chevalier (游侠◎为THU哭泣), 信区: Bioinformatics                      
标题  有没有Protein－protein相互作用的负样本数据                             
时间  北大未名站 (2004年04月01日13:23:00 星期四), 转信                       
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就是比较确定的没有相互作用的protein pairs
哪里有这样的数据集？
如果没有 可以从哪些方面考虑构建 能使得它的可信度最高？
thx

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作者  Feynman (KaKa), 信区: Bioinformatics                                   
标题  Re: 有没有Protein－protein相互作用的负样本数据                         
时间  北大未名站 (2004年04月01日15:04:01 星期四), 转信                       
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随机肽段可以作为数据集的一部分吗？

【 在 chevalier (游侠◎为THU哭泣) 的大作中提到: 】
: 就是比较确定的没有相互作用的protein pairs
: 哪里有这样的数据集？
: 如果没有 可以从哪些方面考虑构建 能使得它的可信度最高？
: thx

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作者  wasstui (Love is magic), 信区: Bioinformatics                          
标题  Re: 有没有Protein－protein相互作用的负样本数据                         
时间  北大未名站 (2004年04月01日18:22:06 星期四), 转信                       
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没有听说有这样的数据库
你可以参照下文的方法构建很可能没有相互作用的PPI

Giot, L., et al., A Protein Interaction Map of Drosophila melanogaster. Scie
nce, 2003. 302(5651): p. 1727-1736

此文通过两个途径：
1）An expert biologist reviewed the list of interactions on the basis of the
names of the proteins in each interaction pair. Low-confidence interactions
were those highly unlikely to occur in vivo, such as an apparent interactio
n between a nuclear and an extracellular protein.

2）Negative examples were Drosophila interactions whose yeast orthologs were
a distance of 3 or more protein-protein interaction links apart.

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作者  chevalier (游侠◎为THU哭泣), 信区: Bioinformatics                      
标题  Re: 有没有Protein－protein相互作用的负样本数据                         
时间  北大未名站 (2004年04月01日19:18:47 星期四), 转信                       
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嗯 多谢多谢！
【 在 wasstui (Love is magic) 的大作中提到: 】
: 标  题: Re: 有没有Protein－protein相互作用的负样本数据
: 发信站: 北大未名站 (2004年04月01日18:22:06 星期四), 转信
:
: 没有听说有这样的数据库
: 你可以参照下文的方法构建很可能没有相互作用的PPI
:
: Giot, L., et al., A Protein Interaction Map of Drosophila melanogaster. Scie
: nce, 2003. 302(5651): p. 1727-1736
:
: 此文通过两个途径：
: 1）An expert biologist reviewed the list of interactions on the basis of the
:  names of the proteins in each interaction pair. Low-confidence interactions
:  were those highly unlikely to occur in vivo, such as an apparent interactio
: n between a nuclear and an extracellular protein.
    这个我想到了
:
: 2）Negative examples were Drosophila interactions whose yeast orthologs were
:  a distance of 3 or more protein-protein interaction links apart.
      这个我怎么就没想到呢 55555 不过这里面也还有不少true positive的吧
    yeast 的PPI network的覆盖率也不高
:
: --

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作者  cdragon (eaGle), 信区: Bioinformatics                                  
标题  Re: 有没有Protein－protein相互作用的负样本数据                         
时间  北大未名站 (2004年04月20日09:49:34 星期二), 转信                       
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那第一种方法不是需要人工做吗? 太繁复了吧?

能不能直接通过 PPI 的补图呢? 呵呵,可能需要去掉一些

BTW, 一个 expert 不是太能说明问题吧？ 目前 pathway 的权重
数据不可靠， 主要就是因为各位老大都是自己说明 某个 pathway
更重要， 那个不重要。

呵呵,我是计算机专业的, 说的有错的地方, 请指正!

【 在 wasstui (Love is magic) 的大作中提到: 】
: 没有听说有这样的数据库
: 你可以参照下文的方法构建很可能没有相互作用的PPI
: Giot, L., et al., A Protein Interaction Map of Drosophila melanogaster. Scie
: nce, 2003. 302(5651): p. 1727-1736
: 此文通过两个途径：
: 1）An expert biologist reviewed the list of interactions on the basis of the
:  names of the proteins in each interaction pair. Low-confidence interactions
:  were those highly unlikely to occur in vivo, such as an apparent interactio
: n between a nuclear and an extracellular protein.
: 2）Negative examples were Drosophila interactions whose yeast orthologs were
: ...........................

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作者  lylover (白愁飞(cinderella)), 信区: Bioinformatics                     
标题  Re: 有没有Protein－protein相互作用的负样本数据                         
时间  北大未名站 (2004年04月20日12:29:34 星期二), 转信                       
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不用expert说明，怎么办？至少出了问题，你可以把责任往别人身上推啊，你可以指责是
因为你使用的数据质量太差，以至于你如此“美妙”的算法惨遭蹂躏。Garbage in,
Garbage out。

通过PPI的补图是不合适的，因为目前发现的相互作用，不见得比没发现的要多，而且补
图的数据量很大，计算不过来的。我这边试过，5，000*5,000/2的相互作用，计算时间大
概是900多个小时(2.4G,双CPU,AMD)，所以显然是不这么做。

【 在 cdragon (eaGle) 的大作中提到: 】
: 那第一种方法不是需要人工做吗? 太繁复了吧?
: 能不能直接通过 PPI 的补图呢? 呵呵,可能需要去掉一些
: BTW, 一个 expert 不是太能说明问题吧？ 目前 pathway 的权重
: 数据不可靠， 主要就是因为各位老大都是自己说明 某个 pathway
: 更重要， 那个不重要。
: 呵呵,我是计算机专业的, 说的有错的地方, 请指正!