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-- 发布时间:9/23/2004 2:05:00 AM
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[合集]讨论点问题把 发信人: kingsyl (Molecular Machine To Be Studied), 信区: Bioinformatics 标 题: [合集]讨论点问题把 发信站: 北大未名站 (2004年03月21日20:37:11 星期天), 站内信件 ─────────────────────────────────────── 作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics 标题 讨论点问题把 时间 北大未名站 (2003年10月03日01:59:25 星期五), 转信 ─────────────────────────────────────── 有谁对对接算法比较熟悉, 评价一下? ─────────────────────────────────────── 作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 讨论点问题把 时间 北大未名站 (2003年10月03日02:01:34 星期五), 转信 ─────────────────────────────────────── 不好意思,你是指结构对接还是序列对接。。。汗。。。 【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】 : 有谁对对接算法比较熟悉, 评价一下? ─────────────────────────────────────── 作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 讨论点问题把 时间 北大未名站 (2003年10月03日02:03:01 星期五), 转信 ─────────────────────────────────────── 当然是结构呀 【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】 : 不好意思,你是指结构对接还是序列对接。。。汗。。。 ─────────────────────────────────────── 作者 sunzx (『radiboga』@^@), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 讨论点问题把 时间 北大未名站 (2003年10月03日02:03:26 星期五), 转信 ─────────────────────────────────────── 没研究过... 【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】 : 当然是结构呀 ─────────────────────────────────────── 作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 讨论点问题把 时间 北大未名站 (2003年10月03日02:05:30 星期五), 转信 ─────────────────────────────────────── docking么?前段时间wwwpeking对autodock有些评价,认为他的算法不算很好,不过改进 起来不容易。 我们这边主要是刘海燕老师做这个,有一个deco-block的重头设计的药物辅助设计的软件 目前已经测试了,不知道什么时候可以release出来。采用重头的算法,不需要数据库的 搜索。 他们也做做动力学啊,用gromos,参数改的比较多,也有不少优化。docking算法就不知 道了。 【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】 : 有谁对对接算法比较熟悉, 评价一下? ─────────────────────────────────────── 作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 讨论点问题把 时间 北大未名站 (2003年10月03日02:07:07 星期五), 转信 ─────────────────────────────────────── ft! lazy是哪个实验室的?你不是以为他是华大的吧?呵呵 【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】 不好意思,你是指结构对接还是序列对接。。。汗。。。 【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】 : 有谁对对接算法比较熟悉, 评价一下? ─────────────────────────────────────── 作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 讨论点问题把 时间 北大未名站 (2003年10月03日02:08:34 星期五), 转信 ─────────────────────────────────────── 等kingsql吧。。。曾经为设计一个linker把两个protein连起来就废了一水的劲。 这个版上做结构的还有谁呀? 【 在 sunzx (『radiboga』@^@) 的大作中提到: 】 : 没研究过... ─────────────────────────────────────── 作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 讨论点问题把 时间 北大未名站 (2003年10月03日02:09:05 星期五), 转信 ─────────────────────────────────────── 我主要想说的是几何匹配搜索的问题, 后面的打分先不管. 暂且不考虑对接中的柔性, 搜索的自由度一共是6个, autodock直接用的遗传算法, 比较慢 【 在 lylover (石之轩) 的大作中提到: 】 : docking么?前段时间wwwpeking对autodock有些评价,认为他的算法不算很好,不过改进 : 起来不容易。 : 我们这边主要是刘海燕老师做这个,有一个deco-block的重头设计的药物辅助设计的软件 : 目前已经测试了,不知道什么时候可以release出来。采用重头的算法,不需要数据库的 : 搜索。 : 他们也做做动力学啊,用gromos,参数改的比较多,也有不少优化。docking算法就不知 : 道了。 ─────────────────────────────────────── 作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 讨论点问题把 时间 北大未名站 (2003年10月03日02:11:01 星期五), 转信 ─────────────────────────────────────── 【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】 : 等kingsql吧。。。曾经为设计一个linker把两个protein连起来就废了一水的劲。 hehe, 这个好像不应该是基于结构的设计呀 : 这个版上做结构的还有谁呀? ─────────────────────────────────────── 作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 讨论点问题把 时间 北大未名站 (2003年10月03日02:12:19 星期五), 转信 ─────────────────────────────────────── lazy同学。。 【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】 等kingsql吧。。。曾经为设计一个linker把两个protein连起来就废了一水的劲。 这个版上做结构的还有谁呀? 【 在 sunzx (『radiboga』@^@) 的大作中提到: 】 : 没研究过... ─────────────────────────────────────── 作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 讨论点问题把 时间 北大未名站 (2003年10月03日02:12:30 星期五), 转信 ─────────────────────────────────────── 有用Monte Carlo的吗?不知道ICM中的docking用的什么方法? 【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】 : 我主要想说的是几何匹配搜索的问题, 后面的打分先不管. 暂且不考虑对接中的柔性, : 搜索的自由度一共是6个, autodock直接用的遗传算法, 比较慢 ─────────────────────────────────────── 作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 讨论点问题把 时间 北大未名站 (2003年10月03日02:14:19 星期五), 转信 ─────────────────────────────────────── 恩,应该是有关系的。这个linker必须保证两个protein直接在结构上不会互相干扰,呵 呵,要在体内有功能还要长晶体的。 【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】 : hehe, 这个好像不应该是基于结构的设计呀 ─────────────────────────────────────── 作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 讨论点问题把 时间 北大未名站 (2003年10月03日02:15:07 星期五), 转信 ─────────────────────────────────────── 看了看以前的文章, 对于平动的三个自由度, 可以直接用解析的方法搜索, 不过对于 转动的那三个自由度那篇文章里面给的是系统搜索的方法 【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】 : 有用Monte Carlo的吗?不知道ICM中的docking用的什么方法? ─────────────────────────────────────── 作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 讨论点问题把 时间 北大未名站 (2003年10月03日02:17:26 星期五), 转信 ─────────────────────────────────────── 光这样的直接用甘氨酸或者丙氨酸链连起来结构一定不会有碰撞, 应该还有别的要求的把 不过即使这样感觉还是以基于知识的设计为主 【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】 : 恩,应该是有关系的。这个linker必须保证两个protein直接在结构上不会互相干扰,呵 : 呵,要在体内有功能还要长晶体的。 ─────────────────────────────────────── 作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 讨论点问题把 时间 北大未名站 (2003年10月03日02:24:11 星期五), 转信 ─────────────────────────────────────── 还有就是不能干扰正常的folding,所以直接的甘氨酸和丙氨酸是不理想的。这好像也只 是试验规律。不过的确设计上是基于知识的,反正最后我就直接把类似的一个融合表达载 体上的序列翻过来拉倒了,好像大家用的linker都差不多就那么几种,呵呵 【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】 : 光这样的直接用甘氨酸或者丙氨酸链连起来结构一定不会有碰撞, 应该还有别的要求的把 : 不过即使这样感觉还是以基于知识的设计为主 ─────────────────────────────────────── 作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 讨论点问题把 时间 北大未名站 (2003年10月03日02:43:28 星期五), 转信 ─────────────────────────────────────── 看了一下, autodock最初用的就是Monte Carlo模拟退火算法 【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】 : 有用Monte Carlo的吗?不知道ICM中的docking用的什么方法? ─────────────────────────────────────── 作者 newjun (闲), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 讨论点问题把 时间 北大未名站 (2003年10月03日03:06:01 星期五), 转信 ─────────────────────────────────────── 国内有人有ICM么? 【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】 : 有用Monte Carlo的吗?不知道ICM中的docking用的什么方法? ─────────────────────────────────────── 作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 讨论点问题把 时间 北大未名站 (2003年10月03日03:50:34 星期五), 转信 ─────────────────────────────────────── 有也不给你。省得到时候你把我送去吃官司了。。记得你说过你在公司呆过。好像已经有 人倒过霉了,我还是小心一点。 不过我老板说也就2500个美刀,用得着当然是买了,可惜啊,我是绝对不做结构方面的。 【 在 newjun (闲) 的大作中提到: 】 国内有人有ICM么? 【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】 : 有用Monte Carlo的吗?不知道ICM中的docking用的什么方法? ─────────────────────────────────────── 作者 newjun (闲), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 讨论点问题把 时间 北大未名站 (2003年10月03日04:39:10 星期五), 转信 ─────────────────────────────────────── 好像不是购买的,我去他们网页的时候, 是说让我提供一个邮件。 说如果我提供的邮件在他的邮件列表力就可以用。 又不是商业软件,不至于吧。 反正我在公司的时候没有抓过人,现在就不清楚了。 【 在 lylover (石之轩) 的大作中提到: 】 : 有也不给你。省得到时候你把我送去吃官司了。。记得你说过你在公司呆过。好像已经有 : 人倒过霉了,我还是小心一点。 : 不过我老板说也就2500个美刀,用得着当然是买了,可惜啊,我是绝对不做结构方面的。 : 国内有人有ICM么? ─────────────────────────────────────── 作者 Amersham (没有唐僧的国庆节), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 讨论点问题把 时间 北大未名站 (2003年10月03日12:45:25 星期五), 转信 ─────────────────────────────────────── 嗯?这个怎么没有映像阿 前面关于这个linker的水还在吗? 【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】 : 等kingsql吧。。。曾经为设计一个linker把两个protein连起来就废了一水的劲。 : 这个版上做结构的还有谁呀? ─────────────────────────────────────── 作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 讨论点问题把 时间 北大未名站 (2003年10月03日13:52:53 星期五), 转信 ─────────────────────────────────────── 你错了,那个e-mail的主人是要掏钱的。ICM不是商业软件,而是非常贵的商业软件。 【 在 newjun (闲) 的大作中提到: 】 好像不是购买的,我去他们网页的时候, 是说让我提供一个邮件。 说如果我提供的邮件在他的邮件列表力就可以用。 又不是商业软件,不至于吧。 反正我在公司的时候没有抓过人,现在就不清楚了。 【 在 lylover (石之轩) 的大作中提到: 】 : 有也不给你。省得到时候你把我送去吃官司了。。记得你说过你在公司呆过。好像已经有 : 人倒过霉了,我还是小心一点。 : 不过我老板说也就2500个美刀,用得着当然是买了,可惜啊,我是绝对不做结构方面的。 : 国内有人有ICM么?
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