[合集]今天看了一下science papers      

发信人: palomino (~快马加鞭~), 信区: Bioinformatics
标  题: [合集]今天看了一下science papers
发信站: 北大未名站 (2003年05月19日16:54:35 星期一), 转信

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作者  biojs (成名之前的悲惨遭遇), 信区: Bioinformatics                       
标题  今天看了一下science papers 的feeling                                   
时间  北大未名站 (2003年05月18日00:09:55 星期天) , 站内信件                  
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1.  pm5:00-8:00,it is very fortunate for me to ask a teacher (who studies the HI
V for many years) to scan the two pieces of papers.与多方专业人士合作太爽了. 看来
他们搞定了几个蛋白,但还有N个未知. 里面的预测好像我们也可做.  有无可能,我们也 春
此也造几片papers. 就从那几个unknown protein regions 入手做分析预测.有什么办法做?
怎么做?

2. question:  3-UTR , s2m  是什么?   NCBI  通过ORF finder 得到6条ORFS(里面有n多o
rfs),他们怎么predict selectively  orf1a,1b   E,M,N.etc, 只能通过实验?

3.我们对以下不解(括号内为不解):1.but the remaining viral proteins are translated
from (subgenomic mRNAs) that form a (3'-coterminal nested set),each with a 5'-e
nd derived from the genomic (5'-leader) sequence.

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作者  biojs (成名之前的悲惨遭遇), 信区: Bioinformatics                       
标题  Re: 今天看了一下science papers 的feeling                               
时间  北大未名站 (2003年05月18日10:35:11 星期天) , 站内信件                  
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哦,都去玩了??     这句是什么意识(括号内为不解)::the coronavirus replicase polypr
otein is synthesized by (a-1 ribosomal frmashift) at a conserved( "slippery"site
) (UUUAAAC)immediately upstream of a (pseudoknot structure) in the overlap of OR
Fs 1a and 1b.

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 今天看了一下science papers 的feeling                               
时间  北大未名站 (2003年05月18日14:16:53 星期天), 转信                       
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唉，老兄，看文章要是都看得想你这么仔细，那迟早要累死。一般来
说，一篇文章，你多少会有不懂的地方，你看中文难道就什么都懂么？
那我找本史记让你看看？不懂就跳过去啦。我对你的问题的看法：
1. 我们即使可以做，最好也不要去做。跟别惹抢，抢得过么？科学的
问题那么多，不一定非的要跟别人抢才有前途的。前几天看一个朋友，
UCLA的做生物信息的分析。他完成一个数据，1秒都不要，而我要花十
分钟。算算看，差距有多少？当然，我惭愧得说一句，我的技术不过
关，可是谁说自己技术没问题？站出来呀？SARS的我也看了，结果是
分析可以分析，但是没有意思。你在一个小时之内可以做掉，你以为
别人需要两个小时？
2.你的question我也不知道什么意思。utr可能是upstream translational
region，中文怎么翻译，我不知道，也不关心。据我所知，至少有n个
软件可以预测一条编码的gene里的orf，原理么？哼哼，不说。
3. 不理解的，呵呵，就拉倒。无所谓的，看得多了，自然会明白。

1.  pm5:00-8:00,it is very fortunate for me to ask a teacher (who studies the
HI
V for many years) to scan the two pieces of papers.与多方专业人士合作太爽了. 看
来
他们搞定了几个蛋白,但还有N个未知. 里面的预测好像我们也可做.  有无可能,我们也
春
此也造几片papers. 就从那几个unknown protein regions 入手做分析预测.有什么办法做
?
怎么做?

2. question:  3-UTR , s2m  是什么?   NCBI  通过ORF finder 得到6条ORFS(里面有n多
o
rfs),他们怎么predict selectively  orf1a,1b   E,M,N.etc, 只能通过实验?

3.我们对以下不解(括号内为不解):1.but the remaining viral proteins are
translated
from (subgenomic mRNAs) that form a (3'-coterminal nested set),each with a
5'-e
nd derived from the genomic (5'-leader) sequence.

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作者  kokolu (祈祷), 信区: Bioinformatics                                    
标题  Re: 今天看了一下science papers 的feeling                               
时间  北大未名站 (2003年05月18日14:59:34 星期天), 转信                       
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1)
5-utr ,3 -utr 指的是mRNA的5'端和3'端的 untranslational region
5'端第一个aug之前就是 5'-utr, 3'端的stop codon 之后的部分就是3`-utr。
2)
文献的意思是：pp1a是按照一个读码框翻译出来的(450kD)，按照同样的读码框
到1a的末尾就会碰到uaa而stop。那么pp1ab是怎么翻译出来的呢？
就是核糖体读到(uuuaaac)这一个地方的时候，本来要读到uaa而终止了
但是这次它往回滑动了一格（-1 ribosomal frameshift就是这个意思)，那么
读到的就是uua,aac了，这样就不会再这里终止，而是噼里啪啦接着往下
翻译，得到1b这个domain。

uuuaaac这个可滑动的结构后面紧紧的接着一个pseudoknot structure ,
pseduknot structure 是什么，我也不太清楚，但是应该是rna上面的
可以互补的，有可能形成环，或者发夹结构的地方吧。

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作者  wwpeking (nihao), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 今天看了一下science papers 的feeling                               
时间  北大未名站 (2003年05月18日15:15:48 星期天) , 站内信件                  
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呵呵，我来解释一下pseudoknots。所谓pseudoknots是指两个（以上）base pairs顺序有交
叉，比如i<j<k<l四个base，i和k形成一个base pairs，j和l形成一个base pairs，这样子的
结构就是一个pseudoknots。拿最常见的一种pseudoknots来讲，就是hairpin环上的base又和
external base形成了pair。如果还不懂，看一看我粘贴的附件。

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作者  biojs (成名之前的悲惨遭遇), 信区: Bioinformatics                       
标题  Re: 今天看了一下science papers 的feeling                               
时间  北大未名站 (2003年05月18日17:03:33 星期天) , 站内信件                  
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  "就是核糖体读到(uuuaaac)这一个地方的时候，本来要读到uaa而终止了

  哦,核糖体的IQ这么高,比编程的跳转语句还牛?   利用这一点做成仿生计算机肯定得NOBL
E PRIZE   不知从生物物理如何解释这个机理?

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 今天看了一下science papers 的feeling                               
时间  北大未名站 (2003年05月18日17:08:51 星期天), 转信                       
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呵呵，生物体内IQ高的多了，解释不清楚地也更多，谁叫我们没有
这些小东西聪明呢，嘻嘻

  "就是核糖体读到(uuuaaac)这一个地方的时候，本来要读到uaa而终止了

  哦,核糖体的IQ这么高,比编程的跳转语句还牛?   利用这一点做成仿生计算机肯定得NOB
L
E PRIZE   不知从生物物理如何解释这个机理?