[合集]寻从头预测的算法详解 ？         

发信人: kingsyl (Molecular Machine To Be Studied), 信区: Bioinformatics
标  题: [合集]寻从头预测的算法详解 ？
发信站: 北大未名站 (2004年03月21日20:03:43 星期天), 站内信件

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作者  shaoliu (天煞孤星), 信区: Bioinformatics                               
标题  寻从头预测的算法详解？                                                 
时间  北大未名站 (2004年03月02日16:08:59 星期二), 站内信件                   
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先请教从头预测的算法详解！！！！！
楼上的兄弟说threading现在马上要淘汰了？
不知当前用的最多的方法是哪一种？有没有算法详解参考参考
本人不是生物科班出生，最好能通俗点的
谢谢

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作者  lazy (draughts), 信区: Bioinformatics                                  
标题  Re: 寻从头预测的算法详解？                                             
时间  北大未名站 (2004年03月02日16:17:24 星期二), 转信                       
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从头预测的算法很多. 但是出发点只有一个即认为蛋白的天然构象是热力学
自由能最低的构像. 因此, 尽管算法很多, 但是流程都大同小异, 选择一个
结构描述模型和在此之上的能量函数, 然后使用某种全局最优化算法在构象
空间进行搜索
【 在 shaoliu (天煞孤星) 的大作中提到: 】
: 先请教从头预测的算法详解！！！！！
: 楼上的兄弟说threading现在马上要淘汰了？
: 不知当前用的最多的方法是哪一种？有没有算法详解参考参考
: 本人不是生物科班出生，最好能通俗点的
: 谢谢

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作者  shaoliu (天煞孤星), 信区: Bioinformatics                               
标题  Re: 寻从头预测的算法详解？                                             
时间  北大未名站 (2004年03月02日17:26:07 星期二), 站内信件                   
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有没有详细一点的资料？
从氨基酸序列开始分析，然后得到结果的每一步方法？
谢谢

【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 从头预测的算法很多. 但是出发点只有一个即认为蛋白的天然构象是热力学
: 自由能最低的构像. 因此, 尽管算法很多, 但是流程都大同小异, 选择一个
: 结构描述模型和在此之上的能量函数, 然后使用某种全局最优化算法在构象
: 空间进行搜索

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作者  lazy (draughts), 信区: Bioinformatics                                  
标题  Re: 寻从头预测的算法详解？                                             
时间  北大未名站 (2004年03月02日17:58:13 星期二), 转信                       
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【 在 shaoliu (天煞孤星) 的大作中提到: 】
: 有没有详细一点的资料？
随便找篇做从头预测的文章看把, 比如现在做得最好的rosetta
: 从氨基酸序列开始分析，然后得到结果的每一步方法？
从头预测原则上是不做也不需要做序列分析的, 当然引入序列分析的结果
很多时候可以对结果有一定的改善
: 谢谢

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作者  shaoliu (天煞孤星), 信区: Bioinformatics                               
标题  Re: 寻从头预测的算法详解？                                             
时间  北大未名站 (2004年03月02日19:32:58 星期二), 站内信件                   
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我的意思是从头预测这个方法可不可以设计成这样：输入就是
一个氨基酸序列，然后输出的就是pdb格式的文件（当然也可以
是其他文件格式）。

【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 随便找篇做从头预测的文章看把, 比如现在做得最好的rosetta
: 从头预测原则上是不做也不需要做序列分析的, 当然引入序列分析的结果
: 很多时候可以对结果有一定的改善

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作者  lazy (draughts), 信区: Bioinformatics                                  
标题  Re: 寻从头预测的算法详解？                                             
时间  北大未名站 (2004年03月02日19:39:30 星期二), 转信                       
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本来就是这样. 当然输入还可以有其他一些辅助信息, 输出也可以提供
多个候选构象
【 在 shaoliu (天煞孤星) 的大作中提到: 】
: 我的意思是从头预测这个方法可不可以设计成这样：输入就是
: 一个氨基酸序列，然后输出的就是pdb格式的文件（当然也可以
: 是其他文件格式）。

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作者  shaoliu (天煞孤星), 信区: Bioinformatics                               
标题  Re: 寻从头预测的算法详解？                                             
时间  北大未名站 (2004年03月02日19:50:36 星期二), 站内信件                   
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谢谢
不懂了再来请教！
【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 本来就是这样. 当然输入还可以有其他一些辅助信息, 输出也可以提供
: 多个候选构象

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作者  lylover (cinderella), 信区: Bioinformatics                             
标题  Re: 寻从头预测的算法详解？                                             
时间  北大未名站 (2004年03月02日20:34:38 星期二), 转信                       
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呵呵，要真这么简单，David.Baker还不成幼稚园的了？Rossetta也有不少参数可以调的
。
【 在 shaoliu (天煞孤星) 的大作中提到: 】
我的意思是从头预测这个方法可不可以设计成这样：输入就是
一个氨基酸序列，然后输出的就是pdb格式的文件（当然也可以
是其他文件格式）。

【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 随便找篇做从头预测的文章看把, 比如现在做得最好的rosetta
: 从头预测原则上是不做也不需要做序列分析的, 当然引入序列分析的结果
: 很多时候可以对结果有一定的改善

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作者  lazy (draughts), 信区: Bioinformatics                                  
标题  Re: 寻从头预测的算法详解？                                             
时间  北大未名站 (2004年03月02日20:45:17 星期二), 转信                       
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调的都是所用的模型的参数, 作为问题来说, 的确就是给一个序列就能
出来一个结构, 预测能做到什么精度, 自动化程度有多高那是预测方法
本身的问题.
【 在 lylover (cinderella) 的大作中提到: 】
: 呵呵，要真这么简单，David.Baker还不成幼稚园的了？Rossetta也有不少参数可以调的
: 。

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作者  lylover (cinderella), 信区: Bioinformatics                             
标题  Re: 寻从头预测的算法详解？                                             
时间  北大未名站 (2004年03月03日01:12:35 星期三), 转信                       
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nod,方法也是不断完善的。比方说，Rossetta这个方法总比之前ab initio做的不好的时
候强，一步一步来。我又想起我一个朋友最喜欢说的一句话：饭要一口一口吃。。。

一步就到位的话，很多人都没得吃了。

【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
调的都是所用的模型的参数, 作为问题来说, 的确就是给一个序列就能
出来一个结构, 预测能做到什么精度, 自动化程度有多高那是预测方法
本身的问题.
【 在 lylover (cinderella) 的大作中提到: 】
: 呵呵，要真这么简单，David.Baker还不成幼稚园的了？Rossetta也有不少参数可以调的
: 。