[合集]关于遗传神经网络技术            

发信人: palomino (~快马加鞭~), 信区: Bioinformatics
标  题: [合集]关于遗传神经网络技术
发信站: 北大未名站 (2003年05月16日13:24:12 星期五), 转信

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作者  biojs (成名之前的悲惨遭遇), 信区: Bioinformatics                       
标题  各位不但牛牛,而且热情,太感激了,再请教:                                 
时间  北大未名站 (2003年05月13日18:49:19 星期二) , 站内信件                  
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  我与我的计算机,数学,分子生物的几个有志哥们,正试图联手:基于遗传神经网络技术,用a
b initio从氨基酸一级序列物理化学性质直接预测蛋白质三级结构.   急需听听各位的意见
,从可行性,技术方法,硬件配置等方面讨论.  讨论越多,对我们帮助越大.

sorry,在哪可下载遗传神经网络的源程序.   急啊!!!!

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作者  wwpeking (nihao), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 各位不但牛牛,而且热情,太感激了,再请教:                             
时间  北大未名站 (2003年05月13日19:10:42 星期二) , 站内信件                  
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不是我打击你，最好先调查一下遗传神经网络技术在蛋白质三级结构从头预测方面的应用情
况，据我手头的资料，遗传神经网络技术在这方面早有文章了。所以，还是先把别人的情况
搞清楚在决定自己从哪方面入手。以上完全是个人意见，仅供参考！

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 各位不但牛牛,而且热情,太感激了,再请教:                             
时间  北大未名站 (2003年05月13日20:06:55 星期二), 转信                       
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我同意wwpeking的说法。不过是这样，这几年蛋白质结构预测的发展
可以飞这个字来形容，速度之快，还是很可观的。所以，你们需要
想清楚两件事情：
第一，对目前已有的各种算法，思想需要有所了解，了解其不足与优
势。http://bioinfo.pl/meta/ 这个网站，是目前最好的结构预测软
件的集合，也就是说，你们如果做不过他们，就没有出头的日子。另
外，关于如何评价这上面的工具，我非常客气的说：适合学龄前儿童
玩耍。（不说是一坨。。那样不好）
第二，神经网络在二级结构的预测上，是很不错的，一般能达到70%，
是不是偏高？有的能达到90%，但是指不定，偏差比较大。一般来说，
二级结构，准确性在70-80%左右，三维的结构就能够很好的预测，当
然，这个很好，还是进不了学前班的。
第三，请各位要想清楚，就是如果做的话，风险就不是用大来形容了，
而是用非常，十分，极其，巨大，来形容，比较合适。当然，舍不得
孩子逃不住狼，很难说了。
第四，要找些实验室，他们愿意为你们验证实验结果。这年头，没有
实验，哼哼，比较难说明问题。
    呵呵，不应当打击积极性，但是，如果诸君想做，请把这个看成
是个严肃的事业，因为，短期内很可能是失败，但是，如果各位真的
做上一段时间，会对此感兴趣的。

不是我打击你，最好先调查一下遗传神经网络技术在蛋白质三级结构从头预测方面的应用
情
况，据我手头的资料，遗传神经网络技术在这方面早有文章了。所以，还是先把别人的情
况
搞清楚在决定自己从哪方面入手。以上完全是个人意见，仅供参考！
用a
意见

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作者  biojs (成名之前的悲惨遭遇), 信区: Bioinformatics                       
标题  Re: 各位不但牛牛,而且热情,太感激了,再请教:                             
时间  北大未名站 (2003年05月13日23:15:53 星期二) , 站内信件                  
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3x very much.   从我的名字就知我已经被打击n次.我们本来就生活在悲惨遭遇中.

蛋白质三级结构预测急需解决.否则,sars的解药早就拿到了.正如wwpeking所说,遗传神经网
络技术在这方

面早有文章了。我们几个作为工科背景的不妨从比较成熟的遗传神经网络技术算法(并更多的
考虑氨基酸

的物理化学性质,因为很多遗传神经网络很少考虑物理化学性质,出现预测的误差)介入bioin
formatics.
那现在有很牛的方法搞定三级结构从头预测吗? 请大家谈谈现在三级结构预测方法如何???

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作者  biojs (成名之前的悲惨遭遇), 信区: Bioinformatics                       
标题  Re: 各位不但牛牛,而且热情,太感激了,再请教:                             
时间  北大未名站 (2003年05月13日23:16:37 星期二) , 站内信件                  
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lylover说得很实在,这正是我们的忧虑.正是这上面的工具预测三维的结构只适合学龄前儿童
玩耍。

预测三维的蛋白质结构总要解决吧.那该通过什么办法呢???

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作者  wwpeking (nihao), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 各位不但牛牛,而且热情,太感激了,再请教:                             
时间  北大未名站 (2003年05月14日10:04:12 星期三) , 站内信件                  
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你说的很对，介入这个领域可以先从自己熟悉的方向入手。对于这种NP难问题，还是要做好
吃苦的准备的，不过一旦把问题解决，呵呵，就什么都有了。三级结构从头预测可以说还没
有任何一个成功的方法，这有太多的原因。首先，一个能正确描述天然蛋白质空间结构的物
理模型就需要太多的探索，当然这应该是生物物理学家的事情。还有，就是算法问题，对于
比较长的序列来说，按照目前常用的模型，预测一个蛋白质结构可能要上百年，预测结果还
不一定正确。所以，我感觉，这是两个瓶颈问题，任何一个问题都是巨难巨难的。

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 各位不但牛牛,而且热情,太感激了,再请教:                             
时间  北大未名站 (2003年05月14日11:42:41 星期三), 转信                       
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看完之后，我想：别挡我，I have got to a pee!
reference:
《阿甘正传》

? 考虑氨基酸

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 各位不但牛牛,而且热情,太感激了,再请教:                             
时间  北大未名站 (2003年05月14日11:43:11 星期三), 转信                       
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目前来说，这个，基本上，很难。
? 玩耍。

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作者  lazy (draughts), 信区: Bioinformatics                                  
标题  Re: 各位不但牛牛,而且热情,太感激了,再请教:                             
时间  北大未名站 (2003年05月14日14:11:29 星期三), 转信                       
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现在结构预测方面比较可行的的还是使用基于经验的统计势函数. 另外尽可能
加入现在已知的蛋白质折叠的一些规律, 比如做MD可以考虑使用漏斗模型, 普
通预测也有文章考虑分子伴侣在折叠中的作用的. 而且就势能函数和结构模型
来说, 从计算量方面考虑, 需要先有一个比较粗糙但是具有一定分辨能力的模
型, 然后再使用比较精确的模型. 另外, 随着现在蛋白质组的发展, 已知的结
构和fold会越来越多, 这可能会减小对从头算方面的需求.