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--  作者:admin
--  发布时间:9/23/2004 2:05:00 AM

--  生物学数据库(转载)


生物学数据库(转载)                    


发信人: pearson (忘忧草~绿色水草摇摆~小棒槌), 信区: Bioinformatics
标  题: 生物学数据库(转载)
发信站: 北大未名站 (2002年09月13日11:16:48 星期五), 站内信件

【 以下文字转载自 LifeScience 讨论区 】
【 原文由 pearson 所发表 】

生物学是当今医学界的一大热门学科;分科细,覆盖面广,数据量大,科技含量高是它
的特点。目前还没有哪家院校能建立起自己完整的生物学数据库,所以能够到网上查询
数据就成了研究生物学必备的技能。下面泪出当前世界上较有名的网上生物学数据库,
具体的查询防范请参照《如何查找网上医学资料》,和该数据库的使用说明。
★★★★
核酸数据库:

★EMBL Database:http://www.ebi.ac.uk/ebi_docs/embl_db/ebi/topembl.html
欧洲分子生物学实验室(European Molecular Biology Laboratory )核酸序列数据库
,为欧洲最主要的核酸序列数据库,世界两大核酸数据库之一。目前此数据库由其分支
机构—EBI(the European Bioinformatics Institute,欧洲生物情报研究所)维护。

★GenBank:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Genbank/index.html
美国国家生物技术情报中心(NCBI,National Center for Biotechnology Information
)基因序列数据库。美国最主要的核酸序列数据库,世界两大核酸数据库之一。

★DDBJ:http://www.ddbj.nig.ac.jp/
DNA database of Japan (Mishima),位于日本的核酸序列数据库,为亚洲主要的核酸序
列数据库。

★HIV Database:http://hiv-web.lanl.gov/
HIV序列数据库。

★IMGT:http://www.ebi.ac.uk/imgt/
ImMunoGeneTics数据库含有与免疫系统有关的核酸序列数据。

★dbEST:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/index.html
序列表达标记数据库(Expressed Sequences Tags)。

★BERLIN:ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/berlin/
5S rRNA 数据库。

★EPD:ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/epd/
真核启动子数据库(Eukaryotic Promoter database)

★★★★
蛋白数据库

★SWISS-PROT:http://www.ebi.ac.uk/ebi_docs/swissprot_db/swisshome.html
SWISS-PROT 蛋白序列数据库,由日内瓦大学医学生物化学系(the Department of
Medical Biochemistry of the University of Geneva )与EMBL(European
Molecular Biology Laboratory,欧洲分子生物学实验室)共同维护,是欧洲最主要的
蛋白序列数据库,世界两大蛋白序列数据库之一。

★PIR:http://www.gdb.org/Dan/proteins/pir.html
PIR(Protein Identification Resource)蛋白序列鉴定数据库,由美国国家生物医学
研究基金会(National Biomedical Research Foundation)维护。是美国最主要的蛋白
序列数据库,为世界两大蛋白序列数据库之一。

★PDB:http://www.rcsb.org/pdb/index.html
Brookhaven蛋白序列三维立体结构数据库。

★PROSITE:http://www.expasy.ch/prosite/
蛋白特征序列字典。

★ENZYME:http://www.expasy.ch/enzyme/
蛋白酶数据库。

★REBASE:http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html
限制酶数据库。

★HSSP:ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/hssp/
同类二级结构蛋白(Homology-derived secondary structure of proteins )数据库。

★BLOCKS:http://www.blocks.fhcrc.org/
蛋白序列块数据库(Protein Blocks Database)。

★KABAT:http://immuno.bme.nwu.edu/
具有免疫学重要性的蛋白数据库(Database of Proteins of immunological interest
)。

★OMEGA :http://www.infobiogen.fr/
蛋白结构信息数据库(protein structural information)。

★TMBASE:http://www.ch.embnet.org/software/tmbase/TMBASE_doc.html
跨膜蛋白数据库,包括一些预测工具。

★★★★
基因组数据库

★DICTYDB:http://glamdring.ucsd.edu/others/dsmith/dictydb.html
盘基网柄菌(Dictyostelium discoideum )基因组数据库。

★EcoGene:http://susi.bio.uni-giessen.de/ecdc.html
大肠杆菌(Escherichia coli)K12基因组数据库。

★FLYBASE:http://www.ebi.ac.uk/flybase/index.html
果蝇(Drosophila )基因组数据库。

★MAIZEDB:http://www.agron.missouri.edu/
玉米基因组数据库。

★SGD:http://genome-www.stanford.edu/Saccharomyces/
酵母菌(Saccharomyces)基因组数据库。

★STYGENE:http://www.ucalgary.ca/~kesander/salty.html
沙门氏菌(Salmonella typhimurium )LT2基因组数据库。

★SUBTILIST:ftp://ftp.pasteur.fr/pub/GenomeDB/SubtiList/
纤小杆菌(Bacillus subtilis )168基因组数据库。

★WORMPEP:http://www.sanger.ac.uk/Projects/C_elegans/
蠕虫(Caenorhabditis elegans )基因组计划蛋白数据库。

★★★★
其它数据库

★ECO2DBASE:http://www.ucalgary.ca/~kesander/salty.html
大肠杆菌(Escherichia coli)基因-蛋白两维凝胶数据库

★GCRDB:http://www.gcrdb.uthscsa.edu/
G-蛋白结合受体数据库(G-protein--coupled receptor database)。

★MIM:http://www3.ncbi.nlm.nih.gov/omim/
MIM 人类孟德尔遗传学数据库(Mendelian Inheritance in Man Database)。

★PHDP:http://www.ebi.ac.uk/RHdb/index.html
放射杂交体数据库(The Radiation Hybrid Database)。

★AARHUS/GHENT-2DPAGE:http://biobase.dk/cgi-bin/celis/
人角质化细胞(keratinocyte )两维蛋白凝胶数据库(Aarhus and Ghent
universities)。

★SWISS-2DPAGE:http://www.expasy.ch/ch2d/ch2d-top.html
日内瓦大学(the University of Geneva)人类两维凝胶蛋白数据库(Human 2D Gel
Protein Database)。

★TRANSFAC :http://transfac.gbf.de/TRANSFAC/
转录因子数据库(Transcription factor database)。

★YEPD:http://quest7.proteome.com/YPDhome.html
酵母电泳蛋白数据库( Yeast electrophoresis protein database)。

★SRPDB:http://pegasus.uthct.edu/SRPDB/SRPDB.html
信号识别位点数据库(Signal recognition particle database )。

★EMP:http://wit.mcs.anl.gov/EMP/
酶和代谢途径数据库(Database of Enzymes and Metabolic Pathways)。


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