bioinformatics(1)                     

发信人: happymood (土豆块儿), 信区: Bioinformatics
标  题: bioinformatics
发信站: 北大未名站 (2001年04月09日22:54:02 星期一), 站内信件

发信人: keff (可可 虿级“职?, 信区: LifeScience
标  题: 基因组新的编码方式遗传表达标记语言
发信站: BBS 水木清华站 (Thu Dec 14 12:10:59 2000)

随着人类基因组计划的实施，产生了无以伦比的海量数据信息，而这些数据的标准
化问题让遗传研究人员十分头痛。所以遗传表达标记语言（GEML）应运而生，就像
Internet使用HTML那样，也许就在不久的将来，基因组将使用GEML 。《Nature》
已于12月11日采纳了这种语言，这将极大地推动GEML在科学领域的推广和接受。

人类基因组计划（HGP）的目的是为了标定人类的基因，基因图谱的工作草图已于
今年六月份完成。基因组计划至今为止共产生了四百多个独立的数据库，由各个公
司和学术机构建立和维护，其中的数据涵盖了基因和蛋白质功能执行的信息。研究
人员需要共享这些数据并进行交流，以研究那些涉及到人类健康的科学问题。现在
面临的最大问题就是如何最好地共享、整合各种类型的数据信息。基因表达数据的
标准化对于基因组研究的交流和发表十分重要。

GEML是Rosetta Inpharmatics（RSTA）提出的，正是可帮助科学家们进行数据整合
所需的一种标准化格式。GEML的设计目的是用相同的格式标记来源于基因芯片的遗
传数据信息。基因芯片可以一次性地向研究人员显示数以万计的基因状况，并指出
其活性状态。象Affymetrix和Agilent这样的公司已经开发出可以一次处理六万个
基因的芯片。

其它一些公司也有自己的标准化解决方案。Lion Bioscience开发出了自己的标准
化平台；IBM的生命科学部门致力于开发一套称为DiscoveryLink的产品，
DiscoveryLink是一个虚拟数据库，它允许科学家们从各种类型的数据文件（图形
文件，数据库文件和文本文件）中挖掘数据，以获取遗传信息或者蛋白质信息。
Physiome Sciences已经开发出了一套基于XML语言的类似技术，称为CellML。这套
技术可以帮助研究人员创建生命系统模型，在临床试验之前就预测出哪一种药物是
有效的。科学家们可以创建任何细胞（心脏，肺，肾）的数学描述，进行各种仿真
模拟操作以测试药物的效应。

Rosetta在11月份发起了GEML协会以发展和推广GEML。GEML协会是一群组织的合称
，其中包括Harvard大学，Agilent科技，Spotfire和Europroteome。已于12月11日
采纳了这种语言，根据3Com的创始人Robert Metcalfe创造的Metcalfe法则，使用
某一种系统的用户越多，这种系统就会越有价值。所以《Nature》对GEML的采纳将
使GEML的价值以指数级增长。

--
※ 来源:·北大未名站 bbs.pku.edu.cn·[FROM: 166.111.185.231]