[合集]刚来的人多提一点问题
发信人: kingsyl (Molecular Machine To Be Studied), 信区: Bioinformatics
标 题: [合集]刚来的人多提一点问题
发信站: 北大未名站 (2004年03月21日20:35:42 星期天), 站内信件
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作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月02日04:59:34 星期四), 转信
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刚来的人都不大积极嘛！多问一些问题啊，因为刚接触一个学科，肯定问题不少，
不用管有没有人shame，没准你的想法就很有意思呢？相信自己。
感觉刚到这边来的人，都太过于谨慎，害怕被shame么？sigh...这是最正常不过的事情。
你提100个问题，如果有一个有意思，都很好了。
我记得刚进实验室，问一个师兄关于进化的问题，师兄就说：哦，这个啊，咱不研究。
哪知道，今年我都打算开始做了。
其实还是刚开始学习bioinfo的时候有想法，现在看得多了一点，反而很多东西不敢去想
了，学的多了，也不见得是好事。
所以拜托新来的人多给一些问题，简单没关系，很好的文章，常常不过是个很简单的思路
，只是，想不到或者不敢想而已。
拜托了。
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月02日14:54:26 星期四), 转信
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顶一下！
我来挖个坑，虽然不大。这也是一直困扰我的一个问题，很久不想了，最近和人讨论时又
旧话重提。
大家都知道，我们在讨论基因的homologous与否的时候，都是针对其编码区的，或者其
mRNA序列，目前还没听说有根据genomic sequence整体来判断的。原因是因为内元和启动
子区在序列上不具备外元的广泛的保守性。但是由于在结构上的两者之间的这种依存关系
，决定了在更广泛的层次上内元仍然具有一定的保守性，比如intron的相位，再好比yix
提到过同种基因的alternative splicing方式是具有保守性的嘛。还有同种基因中intron
的长度和数目在亲缘物种中也可能存在某种关系吧。是否还可能存在其他形式的这种相似
性呢，大家讨论讨论，我想这种相似一定是具有某种生物学意义的。
还有，如果两个基因间intron的序列相似性很高，这会意味着什么呢？
【 在 lylover (石之轩) 的大作中提到: 】
: 刚来的人都不大积极嘛！多问一些问题啊，因为刚接触一个学科，肯定问题不少，
: 不用管有没有人shame，没准你的想法就很有意思呢？相信自己。
: 感觉刚到这边来的人，都太过于谨慎，害怕被shame么？sigh...这是最正常不过的事情。
: 你提100个问题，如果有一个有意思，都很好了。
: 我记得刚进实验室，问一个师兄关于进化的问题，师兄就说：哦，这个啊，咱不研究。
: 哪知道，今年我都打算开始做了。
: 其实还是刚开始学习bioinfo的时候有想法，现在看得多了一点，反而很多东西不敢去想
: 了，学的多了，也不见得是好事。
: 所以拜托新来的人多给一些问题，简单没关系，很好的文章，常常不过是个很简单的思路
: ，只是，想不到或者不敢想而已。
: ...........................
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作者 yix (Punk), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月02日15:21:25 星期四) , 站内信件
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hehe, this is an interesting, but huge topic
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 顶一下！
: 我来挖个坑，虽然不大。这也是一直困扰我的一个问题，很久不想了，最近和人讨论时又
: 旧话重提。
: 大家都知道，我们在讨论基因的homologous与否的时候，都是针对其编码区的，或者其
: mRNA序列，目前还没听说有根据genomic sequence整体来判断的。原因是因为内元和启动
: 子区在序列上不具备外元的广泛的保守性。但是由于在结构上的两者之间的这种依存关系
: ，决定了在更广泛的层次上内元仍然具有一定的保守性，比如intron的相位，再好比yix
: 提到过同种基因的alternative splicing方式是具有保守性的嘛。还有同种基因中intron
: 的长度和数目在亲缘物种中也可能存在某种关系吧。是否还可能存在其他形式的这种相似
: 性呢，大家讨论讨论，我想这种相似一定是具有某种生物学意义的。
: ...........................
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作者 invoker (junkDNA), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月02日16:21:27 星期四), 转信
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有意思的话题，
Thanaraj, T.A., F. Clark, and J. Muilu, Conservation of human
alternative splice events in mouse.
Nucl. Acids. Res., 2003. 31(10): p. 2544-2552.
这是我最近看的一片文献，类似这样的东西，有越来越多的关于所谓“遗传事件”
的研究被关注，嘿嘿，……，不过说到生物学意义，目前好像大多数还处在“编故事”
的阶段。
有时间我们讨论一下如何？我目前正是在干这方面相关的活。：）
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 顶一下！
: 我来挖个坑，虽然不大。这也是一直困扰我的一个问题，很久不想了，最近和人讨论时又
: 旧话重提。
: 大家都知道，我们在讨论基因的homologous与否的时候，都是针对其编码区的，或者其
: mRNA序列，目前还没听说有根据genomic sequence整体来判断的。原因是因为内元和启动
: 子区在序列上不具备外元的广泛的保守性。但是由于在结构上的两者之间的这种依存关系
: ，决定了在更广泛的层次上内元仍然具有一定的保守性，比如intron的相位，再好比yix
: 提到过同种基因的alternative splicing方式是具有保守性的嘛。还有同种基因中intron
: 的长度和数目在亲缘物种中也可能存在某种关系吧。是否还可能存在其他形式的这种相似
: 性呢，大家讨论讨论，我想这种相似一定是具有某种生物学意义的。
: ...........................
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作者 yix (Punk), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月02日16:25:03 星期四) , 站内信件
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hehe, one of our competitors...
不过他的那片paper提到的东西虽然多, 但是思路倒不是那么的好
miss了很多有趣的point
【 在 invoker (junkDNA) 的大作中提到: 】
: 有意思的话题，
: Thanaraj, T.A., F. Clark, and J. Muilu, Conservation of human
: alternative splice events in mouse.
: Nucl. Acids. Res., 2003. 31(10): p. 2544-2552.
: 这是我最近看的一片文献，类似这样的东西，有越来越多的关于所谓“遗传事件”
: 的研究被关注，嘿嘿，……，不过说到生物学意义，目前好像大多数还处在“编故事”
: 的阶段。
: 有时间我们讨论一下如何？我目前正是在干这方面相关的活。：）
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作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月02日16:32:41 星期四), 转信
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这个你去问yix，他刚扔掉一个intron 进化东西，说是一点意思都没有，他对这方面理解
不错。
这个与ka/ks的有关系。查查Etope这个软件，根据ka/ks判定gene 编码区的。
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
顶一下！
我来挖个坑，虽然不大。这也是一直困扰我的一个问题，很久不想了，最近和人讨论时又
旧话重提。
大家都知道，我们在讨论基因的homologous与否的时候，都是针对其编码区的，或者其
mRNA序列，目前还没听说有根据genomic sequence整体来判断的。原因是因为内元和启动
子区在序列上不具备外元的广泛的保守性。但是由于在结构上的两者之间的这种依存关系
，决定了在更广泛的层次上内元仍然具有一定的保守性，比如intron的相位，再好比yix
提到过同种基因的alternative splicing方式是具有保守性的嘛。还有同种基因中
intron
的长度和数目在亲缘物种中也可能存在某种关系吧。是否还可能存在其他形式的这种相似
性呢，大家讨论讨论，我想这种相似一定是具有某种生物学意义的。
还有，如果两个基因间intron的序列相似性很高，这会意味着什么呢？
【 在 lylover (石之轩) 的大作中提到: 】
: 刚来的人都不大积极嘛！多问一些问题啊，因为刚接触一个学科，肯定问题不少，
: 不用管有没有人shame，没准你的想法就很有意思呢？相信自己。
: 感觉刚到这边来的人，都太过于谨慎，害怕被shame么？sigh...这是最正常不过的事情。
: 你提100个问题，如果有一个有意思，都很好了。
: 我记得刚进实验室，问一个师兄关于进化的问题，师兄就说：哦，这个啊，咱不研究。
: 哪知道，今年我都打算开始做了。
: 其实还是刚开始学习bioinfo的时候有想法，现在看得多了一点，反而很多东西不敢去想
: 了，学的多了，也不见得是好事。
: 所以拜托新来的人多给一些问题，简单没关系，很好的文章，常常不过是个很简单的思路
: ，只是，想不到或者不敢想而已。
: ...........................
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作者 yix (Punk), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月02日16:35:46 星期四) , 站内信件
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呵呵，不是一点意思都没有拉
只不过不是足够有意思
被老板教育说要focus
【 在 lylover (石之轩) 的大作中提到: 】
: 这个你去问yix，他刚扔掉一个intron 进化东西，说是一点意思都没有，他对这方面理解
: 不错。
: 这个与ka/ks的有关系。查查Etope这个软件，根据ka/ks判定gene 编码区的。
: 顶一下！
: 我来挖个坑，虽然不大。这也是一直困扰我的一个问题，很久不想了，最近和人讨论时又
: 旧话重提。
: 大家都知道，我们在讨论基因的homologous与否的时候，都是针对其编码区的，或者其
: mRNA序列，目前还没听说有根据genomic sequence整体来判断的。原因是因为内元和启动
: 子区在序列上不具备外元的广泛的保守性。但是由于在结构上的两者之间的这种依存关系
: ，决定了在更广泛的层次上内元仍然具有一定的保守性，比如intron的相位，再好比yix
: ...........................
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月02日16:41:24 星期四), 转信
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yix的idea早就看过了，你不是说你不会做吗，我也不会。hoho
【 在 lylover (石之轩) 的大作中提到: 】
: 这个你去问yix，他刚扔掉一个intron 进化东西，说是一点意思都没有，他对这方面理解
: 不错。
: 这个与ka/ks的有关系。查查Etope这个软件，根据ka/ks判定gene 编码区的。
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作者 invoker (junkDNA), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月02日16:43:17 星期四), 转信
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是吗？，说说看，我的兴趣到不是在intron区，我只是对这个文章得到的结果数据感兴趣
也许可以作为对照或者其他可以讨论的关系之类。
【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
: hehe, one of our competitors...
: 不过他的那片paper提到的东西虽然多, 但是思路倒不是那么的好
: miss了很多有趣的point
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作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月02日16:45:51 星期四), 转信
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sigh...是做不了，一个repeatmask估计就比较麻烦，更别说其他的了。而且除非是结果
有意思，不然很难的。老大都放弃了，我也就在边上看看而已。
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
yix的idea早就看过了，你不是说你不会做吗，我也不会。hoho
【 在 lylover (石之轩) 的大作中提到: 】
: 这个你去问yix，他刚扔掉一个intron 进化东西，说是一点意思都没有，他对这方面理解
: 不错。
: 这个与ka/ks的有关系。查查Etope这个软件，根据ka/ks判定gene 编码区的。
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作者 yix (Punk), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月02日16:46:46 星期四) , 站内信件
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sorry. i would love to discuss anything, but not alternative splicing...
can not talk about unpublished data here...
【 在 invoker (junkDNA) 的大作中提到: 】
: 是吗？，说说看，我的兴趣到不是在intron区，我只是对这个文章得到的结果数据感兴趣
: 也许可以作为对照或者其他可以讨论的关系之类。
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作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月02日16:48:02 星期四), 转信
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呵呵，这是师兄的习惯，不要问他了。
【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
sorry. i would love to discuss anything, but not alternative splicing...
can not talk about unpublished data here...
【 在 invoker (junkDNA) 的大作中提到: 】
: 是吗？，说说看，我的兴趣到不是在intron区，我只是对这个文章得到的结果数据感兴趣
: 也许可以作为对照或者其他可以讨论的关系之类。
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作者 yix (Punk), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月02日16:48:39 星期四) , 站内信件
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你再说什么啊
我都糊涂了
我扔的那个东西不难做，只不是结果很trivial
【 在 lylover (石之轩) 的大作中提到: 】
: sigh...是做不了，一个repeatmask估计就比较麻烦，更别说其他的了。而且除非是结果
: 有意思，不然很难的。老大都放弃了，我也就在边上看看而已。
: yix的idea早就看过了，你不是说你不会做吗，我也不会。hoho
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作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月02日16:58:05 星期四), 转信
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误解了，抱歉。嘻嘻。
【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
你再说什么啊
我都糊涂了
我扔的那个东西不难做，只不是结果很trivial
【 在 lylover (石之轩) 的大作中提到: 】
: sigh...是做不了，一个repeatmask估计就比较麻烦，更别说其他的了。而且除非是结果
: 有意思，不然很难的。老大都放弃了，我也就在边上看看而已。
: yix的idea早就看过了，你不是说你不会做吗，我也不会。hoho
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作者 invoker (junkDNA), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月02日17:06:07 星期四), 转信
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keep your alternative splicing data, I'm just interesting in your opinion o
n this paper,:)
【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
: sorry. i would love to discuss anything, but not alternative splicing...
: can not talk about unpublished data here...
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月02日17:07:33 星期四), 转信
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hoho, the most important things in the unpublish data is the opinion maybe:)
【 在 invoker (junkDNA) 的大作中提到: 】
: keep your alternative splicing data, I'm just interesting in your opinion o
: n this paper,:)
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作者 invoker (junkDNA), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月02日17:10:02 星期四), 转信
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I mean the paper that pasted above :(
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: hoho, the most important things in the unpublish data is the opinion maybe:)
───────────────────────────────────────
作者 yix (Punk), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月02日17:10:38 星期四) , 站内信件
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sorry, but i can not talk about this paper without linking our unpublished re
sult... wait a few month for our paper to come out ba...
this is another paper you can look at ,
http://www.nature.com/cgi-taf/DynaPage.taf?file=/ng/journal/v34/n2/abs/ng1159
.html&dynoptions=doi1054235911
【 在 invoker (junkDNA) 的大作中提到: 】
: keep your alternative splicing data, I'm just interesting in your opinion o
: n this paper,:)
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作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月02日17:21:19 星期四), 转信
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呵呵，chris.lee的ng，我都看好几遍了。不是不感兴趣，做不了。
【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
sorry, but i can not talk about this paper without linking our unpublished re
sult... wait a few month for our paper to come out ba...
this is another paper you can look at ,
http://www.nature.com/cgi-taf/DynaPage.taf?file=/ng/journal/v34/n2/abs/ng1159
.html&dynoptions=doi1054235911
【 在 invoker (junkDNA) 的大作中提到: 】
: keep your alternative splicing data, I'm just interesting in your opinion o
: n this paper,:)
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月02日17:23:55 星期四), 转信
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FT again，hehe, we all konw that the opinion about the lack and bug of the
past paper can directly lead to new paper. sadly,I have no such opinion yet.
【 在 invoker (junkDNA) 的大作中提到: 】
: I mean the paper that pasted above :(
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作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月02日17:24:33 星期四), 转信
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呵呵，等你文章出来，黄花菜都凉了。。。
不说这个就是了。
【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
sorry, but i can not talk about this paper without linking our unpublished re
sult... wait a few month for our paper to come out ba...
this is another paper you can look at ,
http://www.nature.com/cgi-taf/DynaPage.taf?file=/ng/journal/v34/n2/abs/ng1159
.html&dynoptions=doi1054235911
【 在 invoker (junkDNA) 的大作中提到: 】
: keep your alternative splicing data, I'm just interesting in your opinion o
: n this paper,:)
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作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月02日17:25:24 星期四), 转信
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所以呢，你就不要做这方面的了。当然。我也不去做。
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
FT again，hehe, we all konw that the opinion about the lack and bug of the
past paper can directly lead to new paper. sadly,I have no such opinion yet.
【 在 invoker (junkDNA) 的大作中提到: 】
: I mean the paper that pasted above :(
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作者 invoker (junkDNA), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月02日17:32:18 星期四), 转信
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oh, dear, anyone who likes to do such....hehe, whatever,……
I'm interesting in my own work.
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: FT again，hehe, we all konw that the opinion about the lack and bug of the
: past paper can directly lead to new paper. sadly,I have no such opinion yet.
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月02日17:32:25 星期四), 转信
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你这个人有时很讨厌，你老是说讨论问题总是不了了之，其实你自己就是罪魁祸首（之一
），因为你老是岔一些很分散人精力的闲话。
hoho，shame you again
and
again。。。
【 在 lylover (石之轩) 的大作中提到: 】
: 所以呢，你就不要做这方面的了。当然。我也不去做。
: FT again，hehe, we all konw that the opinion about the lack and bug of the
: past paper can directly lead to new paper. sadly,I have no such opinion yet.
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作者 yix (Punk), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月02日17:32:33 星期四) , 站内信件
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今天老板还对我说 we should not think under the shadow of this ng paper...
谈点别的吧，比如protein network.
有没有什么有趣的阿
【 在 lylover (石之轩) 的大作中提到: 】
: 呵呵，等你文章出来，黄花菜都凉了。。。
: 不说这个就是了。
: sorry, but i can not talk about this paper without linking our unpublished re
: sult... wait a few month for our paper to come out ba...
: this is another paper you can look at ,
: http://www.nature.com/cgi-taf/DynaPage.taf?file=/ng/journal/v34/n2/abs/ng1159
: .html&dynoptions=doi1054235911
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月02日17:33:32 星期四), 转信
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cmft，I am just kidding：）
【 在 invoker (junkDNA) 的大作中提到: 】
: oh, dear, anyone who likes to do such....hehe, whatever,……
: I'm interesting in my own work.
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月02日17:37:35 星期四), 转信
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ok，我现在感兴趣的是有没有可能通过predict protein interaction来帮助我们
mount这个pathway尤其是metabolic pathway
【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
: 今天老板还对我说 we should not think under the shadow of this ng paper...
: 谈点别的吧，比如protein network.
: 有没有什么有趣的阿
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作者 yix (Punk), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月02日17:41:47 星期四) , 站内信件
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这个感觉不是什么新topic了吧...
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: ok，我现在感兴趣的是有没有可能通过predict protein interaction来帮助我们
: mount这个pathway尤其是metabolic pathway
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作者 invoker (junkDNA), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月02日17:45:16 星期四), 转信
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我感兴趣的是结合PPI的数据和表达普结合，考察可能in vivo真实的interaction
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: ok，我现在感兴趣的是有没有可能通过predict protein interaction来帮助我们
: mount这个pathway尤其是metabolic pathway
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月02日17:47:25 星期四), 转信
───────────────────────────────────────
en！
old topic，new approach。
正在看文献中，打算实践一下。
【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
: 这个感觉不是什么新topic了吧...
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作者 invoker (junkDNA), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月02日17:49:09 星期四), 转信
───────────────────────────────────────
:), God bless u!
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: en！
: old topic，new approach。
: 正在看文献中，打算实践一下。
───────────────────────────────────────
作者 newjun (闲), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月02日19:39:17 星期四), 转信
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不只导INtron是不是和调控机制有关，我想大概有的
因为原核生物就没有
不过道普金斯话说，
Intrion是寄生DNA，
她唯一的功能就是自己比较爽
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 顶一下！
: 我来挖个坑，虽然不大。这也是一直困扰我的一个问题，很久不想了，最近和人讨论时又
: 旧话重提。
: 大家都知道，我们在讨论基因的homologous与否的时候，都是针对其编码区的，或者其
: mRNA序列，目前还没听说有根据genomic sequence整体来判断的。原因是因为内元和启动
: 子区在序列上不具备外元的广泛的保守性。但是由于在结构上的两者之间的这种依存关系
: ，决定了在更广泛的层次上内元仍然具有一定的保守性，比如intron的相位，再好比yix
: 提到过同种基因的alternative splicing方式是具有保守性的嘛。还有同种基因中intron
: 的长度和数目在亲缘物种中也可能存在某种关系吧。是否还可能存在其他形式的这种相似
: 性呢，大家讨论讨论，我想这种相似一定是具有某种生物学意义的。
: ...........................
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作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月02日22:28:52 星期四), 转信
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切，说我讨厌的人多了。不过都是ppmms，说完了之后就跳我怀里了，你不是也想吧？
玻璃！
哈哈。
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
你这个人有时很讨厌，你老是说讨论问题总是不了了之，其实你自己就是罪魁祸首（之一
），因为你老是岔一些很分散人精力的闲话。
hoho，shame you again
and
again。。。
【 在 lylover (石之轩) 的大作中提到: 】
: 所以呢，你就不要做这方面的了。当然。我也不去做。
: FT again，hehe, we all konw that the opinion about the lack and bug of the
: past paper can directly lead to new paper. sadly,I have no such opinion yet.
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作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月02日22:29:28 星期四), 转信
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很nod!!!
【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
: 这个感觉不是什么新topic了吧...
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作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月02日22:30:06 星期四), 转信
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呵呵，bless也是白搭。。。
【 在 invoker (junkDNA) 的大作中提到: 】
:), God bless u!
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: en！
: old topic，new approach。
: 正在看文献中，打算实践一下。
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作者 sunzx (『radiboga』@^@), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月02日22:39:27 星期四), 转信
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去ytht的motss版吧...
【 在 lylover (石之轩) 的大作中提到: 】
: 切，说我讨厌的人多了。不过都是ppmms，说完了之后就跳我怀里了，你不是也想吧？
: 玻璃！
: 哈哈。
: 你这个人有时很讨厌，你老是说讨论问题总是不了了之，其实你自己就是罪魁祸首（之一
: ），因为你老是岔一些很分散人精力的闲话。
: hoho，shame you again
: and
: again。。。
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作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月02日23:10:24 星期四), 转信
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这是hypothesis，而不是事实吧？
【 在 newjun (闲) 的大作中提到: 】
: 不只导INtron是不是和调控机制有关，我想大概有的
: 因为原核生物就没有
: 不过道普金斯话说，
: Intrion是寄生DNA，
: 她唯一的功能就是自己比较爽
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作者 sunzx (『radiboga』@^@), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月02日23:11:29 星期四), 转信
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偶觉得一部分Intron至少会有调控作用的....
【 在 lylover (石之轩) 的大作中提到: 】
: 这是hypothesis，而不是事实吧？
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作者 yix (Punk), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月02日23:25:28 星期四) , 站内信件
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the simplistic view of 'selfish' DNA might be too outdated now...
data support the idea that intron contains regulatory sequences ( i.e. intron
ic splicing enhancer or silencer), also can be the place for accumulating new
function
one interesting thing: if u look at gene & its pseudogene ( esp. processed ps
eudogene), after the duplication the gene and psuedogene should have same cod
ing ability, however during evolution it seems that i's always the intronless
processed pseudogene that is turned off. not sure why , but it's interesting
.
【 在 newjun (闲) 的大作中提到: 】
: 不只导INtron是不是和调控机制有关，我想大概有的
: 因为原核生物就没有
: 不过道普金斯话说，
: Intrion是寄生DNA，
: 她唯一的功能就是自己比较爽
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作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月02日23:40:35 星期四), 转信
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那儿有什么好的？
【 在 sunzx (『radiboga』@^@) 的大作中提到: 】
去ytht的motss版吧...
【 在 lylover (石之轩) 的大作中提到: 】
: 切，说我讨厌的人多了。不过都是ppmms，说完了之后就跳我怀里了，你不是也想吧？
: 玻璃！
: 哈哈。
: 你这个人有时很讨厌，你老是说讨论问题总是不了了之，其实你自己就是罪魁祸首（之一
: ），因为你老是岔一些很分散人精力的闲话。
: hoho，shame you again
: and
: again。。。
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作者 sunzx (『radiboga』@^@), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月02日23:43:36 星期四), 转信
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偶是给想跳到你怀里那个男生说的
嘿嘿:)
【 在 lylover (石之轩) 的大作中提到: 】
: 那儿有什么好的？
: 去ytht的motss版吧...
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作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月03日00:16:06 星期五), 转信
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呵呵，ppmm们不会这么想的。。。
【 在 sunzx (『radiboga』@^@) 的大作中提到: 】
偶是给想跳到你怀里那个男生说的
嘿嘿:)
【 在 lylover (石之轩) 的大作中提到: 】
: 那儿有什么好的？
: 去ytht的motss版吧...
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作者 sunzx (『radiboga』@^@), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月03日00:19:21 星期五), 转信
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hehe:)
【 在 lylover (石之轩) 的大作中提到: 】
: 呵呵，ppmm们不会这么想的。。。
: 偶是给想跳到你怀里那个男生说的
: 嘿嘿:)
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月03日00:20:14 星期五), 转信
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sigh。。。这年头得妄想症得人的确是越来越多了。
把ppmm老是挂在嘴边pian的男人，恩，没什么意思，
【 在 lylover (石之轩) 的大作中提到: 】
: 呵呵，ppmm们不会这么想的。。。
: 偶是给想跳到你怀里那个男生说的
: 嘿嘿:)
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作者 sunzx (『radiboga』@^@), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月03日00:21:59 星期五), 转信
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pian3?
偶们那边也这么说...
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: sigh。。。这年头得妄想症得人的确是越来越多了。
: 把ppmm老是挂在嘴边pian的男人，恩，没什么意思，
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月03日00:29:57 星期五), 转信
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基本上，我觉得intron主要就是起一个负调控的作用，所谓splicing enhancer只不过就
是负调控的作用比较小而已，这可能和自然选择有关。我曾经以为intron原本是有功能的
exon变来的，经过复制，本来的功能就消失了，又经过很多年的选择，又变得有那么一些
调控的功能了。
pseudogene主要是intronless的，这大概是因为pseudogene还是主要由mRNA反转录cDNA之
后重新插入基因组形成的，倒也有报道说这种插入可以形成全新的嵌合基因，很有趣。
【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
: the simplistic view of 'selfish' DNA might be too outdated now...
: data support the idea that intron contains regulatory sequences ( i.e. intron
: ic splicing enhancer or silencer), also can be the place for accumulating new
: function
: one interesting thing: if u look at gene & its pseudogene ( esp. processed ps
: eudogene), after the duplication the gene and psuedogene should have same cod
: ing ability, however during evolution it seems that i's always the intronless
: processed pseudogene that is turned off. not sure why , but it's interesting
: .
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作者 sunzx (『radiboga』@^@), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月03日00:31:55 星期五), 转信
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你的意思是...稀释作用?
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 基本上，我觉得intron主要就是起一个负调控的作用，所谓splicing enhancer只不过就
: 是负调控的作用比较小而已，这可能和自然选择有关。我曾经以为intron原本是有功能的
: exon变来的，经过复制，本来的功能就消失了，又经过很多年的选择，又变得有那么一些
: 调控的功能了。
: pseudogene主要是intronless的，这大概是因为pseudogene还是主要由mRNA反转录cDNA之
: 后重新插入基因组形成的，倒也有报道说这种插入可以形成全新的嵌合基因，很有趣。
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月03日00:40:25 星期五), 转信
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对了，要是biojs在的话，en。。。lylover的底子能说的更明确一点
【 在 sunzx (『radiboga』@^@) 的大作中提到: 】
: pian3?
: 偶们那边也这么说...
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作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月03日01:12:02 星期五), 转信
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看你起的昵称，就知道你不照了，要说帅还是你老兄要帅的多，比你帅的也不多了。
不过这类事情讲的是技术。
我有必要pian么？没办法啊，呵呵，不要郁闷了，深刻反省一下。
p:上次咱聊过一次，我觉得哦，你的指导思想不大对劲，biojs知道我在说什么。
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
sigh。。。这年头得妄想症得人的确是越来越多了。
把ppmm老是挂在嘴边pian的男人，恩，没什么意思，
【 在 lylover (石之轩) 的大作中提到: 】
: 呵呵，ppmm们不会这么想的。。。
: 偶是给想跳到你怀里那个男生说的
: 嘿嘿:)
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作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月03日01:12:51 星期五), 转信
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so clever!!!
【 在 sunzx (『radiboga』@^@) 的大作中提到: 】
你的意思是...稀释作用?
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 基本上，我觉得intron主要就是起一个负调控的作用，所谓splicing enhancer只不过就
: 是负调控的作用比较小而已，这可能和自然选择有关。我曾经以为intron原本是有功能的
: exon变来的，经过复制，本来的功能就消失了，又经过很多年的选择，又变得有那么一些
: 调控的功能了。
: pseudogene主要是intronless的，这大概是因为pseudogene还是主要由mRNA反转录cDNA之
: 后重新插入基因组形成的，倒也有报道说这种插入可以形成全新的嵌合基因，很有趣。
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作者 yix (Punk), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月03日02:31:46 星期五) , 站内信件
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【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 基本上，我觉得intron主要就是起一个负调控的作用，所谓splicing enhancer只不过就
: 是负调控的作用比较小而已，这可能和自然选择有关。我曾经以为intron原本是有功能的
: exon变来的，经过复制，本来的功能就消失了，又经过很多年的选择，又变得有那么一些
: 调控的功能了。
negative regulation of what? be more specific :)
: pseudogene主要是intronless的，这大概是因为pseudogene还是主要由mRNA反转录cDNA之
: 后重新插入基因组形成的，倒也有报道说这种插入可以形成全新的嵌合基因，很有趣。
you didn't get my point. the question is not why pseudogene is intronless. th
e question is once you have a reverse-transcription to generate an intronless
duplicate, you have two copy of the same gene: one with intron and one witho
ut intron. why it's always the case that the intronless copy was turned off a
nd became a pseudogene
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月03日02:49:07 星期五), 转信
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【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
: negative regulation of what? be more specific :)
呵呵，我知道你的意思，如果我说是对基因的表达起负调控的作用，也许你会举出上面那
篇文章的例子，即没有intron的基因表达量反而不高。我觉得调控表达的最重要因素还是
promoter，究竟是因为没有intron而表达不高还是本来就是表达不告因此没有必要存在
intron呢，呵呵，随便想想。
: you didn't get my point. the question is not why pseudogene is intronless. th
: e question is once you have a reverse-transcription to generate an intronless
: duplicate, you have two copy of the same gene: one with intron and one witho
: ut intron. why it's always the case that the intronless copy was turned off a
: nd became a pseudogene
我觉得其实在duplication之后能不能保留编码功能关键是看是否还能具有完整的基因结
构最关键就是promoter和terminator。我感觉在这点上有intron的copy比intronless的要
有优势。
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作者 badgee (天篷), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月03日22:12:53 星期五) , 站内信件
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请问：“pseudogene”的中文意思，intron和extron又是基因的哪些部分？中文意思？
至于功能给偶简要说两句也好。
3q!!
如有兴趣，我还想问一点：基因的“homologous”是什么意思？
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 基本上，我觉得intron主要就是起一个负调控的作用，所谓splicing enhancer只不过就
: 是负调控的作用比较小而已，这可能和自然选择有关。我曾经以为intron原本是有功能的
: exon变来的，经过复制，本来的功能就消失了，又经过很多年的选择，又变得有那么一些
: 调控的功能了。
: pseudogene主要是intronless的，这大概是因为pseudogene还是主要由mRNA反转录cDNA之
: 后重新插入基因组形成的，倒也有报道说这种插入可以形成全新的嵌合基因，很有趣。
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作者 aroluna (☆小蟹成仙·好好修炼☆), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月03日22:53:41 星期五), 转信
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你应该补充一些基本的生物学知识再来这里问问题
这样记得更牢靠：）
【 在 badgee (天篷) 的大作中提到: 】
: 请问：“pseudogene”的中文意思，intron和extron又是基因的哪些部分？中文意思？
: 至于功能给偶简要说两句也好。
: 3q!!
: 如有兴趣，我还想问一点：基因的“homologous”是什么意思？
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作者 badgee (天篷), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月03日23:00:47 星期五) , 站内信件
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Thank you very much!
刚才Feynman已经给我推荐了很好的材料。
我正在看。
【 在 aroluna (☆小蟹成仙·好好修炼☆) 的大作中提到: 】
: 你应该补充一些基本的生物学知识再来这里问问题
: 这样记得更牢靠：）
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作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 刚来的人多提一点问题
时间 北大未名站 (2003年10月03日23:07:48 星期五), 转信
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狠nod!这些我还是不解释了。
【 在 aroluna (☆小蟹成仙·好好修炼☆) 的大作中提到: 】
你应该补充一些基本的生物学知识再来这里问问题
这样记得更牢靠：）
【 在 badgee (天篷) 的大作中提到: 】
: 请问：“pseudogene”的中文意思，intron和extron又是基因的哪些部分？中文意思？
: 至于功能给偶简要说两句也好。
: 3q!!
: 如有兴趣，我还想问一点：基因的“homologous”是什么意思？
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2004/9/23 2:05:00
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